Cette saison est composée de 82 épisodes en total !
EP = Épisode | LI = Ligue Indigo

EP01/LI01 – Le départ !
EP02/LI02 – Pokémon au urgences !
EP03/LI03 – Capture du premier Pokémon !
EP04/LI04 – Le défi du samouraï !
EP05/LI05 – Confrontation à Argenta !
EP06/LI06 – La pierre lune !
EP07/LI07 – Les fleurs d’eau d’Azuria !
EP08/LI08 – Le chemin qui consuit à la ligue Pokémon !
EP09/LI09 – L’école crève-cœur !
EP010/LI010 – Le village caché !
EP011/LI011 – Le Pokémon abandonné !
EP012/LI012 – Sans maître ni loi !
EP013/LI013 – Le mystère du phare !
EP014/LI014 – Confrontation électrique !
EP015/LI015 – Bataille à bord du Saint Anne !
EP016/LI016 – Naufrage Pokémon !
EP017/LI017 – L’Île des géants !
EP018/LI018 – La beauté et la plage ! (Épisode censuré en France)
EP019/LI019 – Tentacool et Tentacruel !
EP020/LI020 – Le fantôme de la jeune fille !
EP021/LI021 – Un Pokémon amoureux !
EP022/LI022 – Quand la télékinésie s’en mêle !
EP023/LI023 – La tour de la terreur !
EP024/LI024 – La revanche !
EP025/LI025 – Une rencontre mouvementée !
EP026/LI026 – Un parfum de victoire !
EP027/LI027 – Sommeil sur la ville !
EP028/LI028 – Les Pokémon changent de look !
EP029/LI029 – Le Pokémon qui a du punch !
EP030/LI030 – Coup de foudre magnétique !
EP031/LI031 – Barrage contre Pokémon !
EP032/LI032 – Le Ninja Pokémon !
EP033/LI033 – Le Poké-marathon !
EP034/LI034 – L’enfant sauvage !
EP035/LI035 – La légende de Minidraco ! (Épisode censuré en Occident)
EP036/LI036 – La bande des bicyclettes !
EP037/LI037 – Le manoir mystérieux !
EP038/LI038 – Le soldat virtuel Porygon ! (Épisode censuré dans le monde entier – Diffusé une seule fois au Japon)
EP039/LI039 – Des joujoux par milliers !
EP040/LI040 – Tempête de neige !
EP041/LI041 – Au revoir Pikachu !
EP042/LI042 – La montagne de l’évolution !
EP043/LI043 – Sommeil sans faim !
EP044/LI044 – Sombreville !
EP045/LI045 – Un Pokémon tout n’œuf !
EP046/LI046 – La potion miracle !
EP047/LI047 – Une jolie berceuse !
EP048/LI048 – L’attaque du Pokémon préhistorique !
EP049/LI049 – Urgence à l’hôpital !
EP050/LI050 – Un sacré mariage !
EP051/LI051 – Recette aux poireaux !
EP052/LI052 – Œuf surprise !
EP053/LI053 – Le jardin mystérieux !
EP054/LI054 – La guerre des princesses !
EP055/LI055 – Un héros au poil !
EP056/LI056 – L’unité d’élite K-9 !
EP057/LI057 – Le chasseur d’image !
EP058/LI058 – L’ultime épreuve !
EP059/LI059 – Le secret du centre d’élevage !
EP060/LI060 – Le champion des devinettes !
EP061/LI061 – Panique volcanique !
EP062/LI062 – L’île des Pokémon Tortues !
EP063/LI063 – La sirène magique !
EP064/LI064 – Les envahisseurs !
EP065/LI065 – L’Arène Team Rocket !
EP066/LI066 – Quel cirque !
EP067/LI067 – Règlement de compte à Poké Corrall !
EP068/LI068 – Le mystère de l’évolution !
EP069/LI069 – Le Pi-Kahuna !
EP070/LI070 – Talents cachés !
EP071/LI071 – Lumière ! Moteur ! Action !
EP072/LI072 – Hollywood, me voilà !
EP073/LI073 – Le secret !
EP074/LI074 – Le mystère enfoui de Pokémonpolis !
EP075/LI075 – Tombés sur un os !
EP076/LI076 – La Team Rocket met le feu !
EP077/LI077 – Ligue Pokémon, Premier tour !
EP078/LI078 – Le feu et la glace !
EP079/LI079 – Quatrième tour décisif !
EP080/LI080 – Un nouvel ami !
EP081/LI081 – Amis ou ennemis ?
EP082/LI082 – Amis malgré tout !